（1）嚴格按照熒光顯微鏡出廠說明書要求進行操作，不要隨意改變程序。
（2）應在暗室中進行檢查。進入暗室后，接上電源，點燃超高壓汞燈5～15min，待光源發出強光穩定后，眼睛*適應暗室，再開始觀察標本。
（3）防止紫外線對眼睛的損害，在調整光源時應戴上防護眼鏡。
（4）檢查時間每次以1～2h為宜，超過90min，超高壓汞燈發光強度逐漸下降，熒光減弱；標本受紫外線照射3～5min后，熒光也明顯減弱；
（5）熒光顯微鏡光源壽命有限，標本應集中檢查，以節省時間，保護光源。天熱時，應加電扇散熱降溫，新換燈泡應從開始就記錄使用時間。燈熄滅后欲再用時，須待燈泡充分冷卻后才能點燃。一天中應避免數次點燃光源。
（6）標本染色后立即觀察，因時間久了熒光會逐漸減弱。若將標本放在聚乙烯塑料袋中4℃保存，可延緩熒光減弱時間，防止封裱劑蒸發。長時間的激發光照射標本，會使得熒光衰減和消失現象，故應盡可能縮短照射時間。暫時不觀察時可用擋光板遮蓋激發光。
（7）標本觀察時候應采用無熒光油，應避免眼睛直視紫外光源。
（8）電源應安裝穩壓器，電壓不穩會降低熒光燈的壽命。
熒光顯微鏡和普通光學顯微鏡有以下的區別：
1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；
2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；
3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。
熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區別是二者的激發波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。
熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。
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